[헬스코리아뉴스 / 이순호] 19억 원대 세금 부과 처분 취소 소송 항소심에서 패소한 태준제약이 대법원의 판단을 받기로 했다. 1심 승소 이후 결과가 뒤집히자 최종 법률심을 통해 시시비비를 가리겠다는 결정이다.

7일 본지 취재에 따르면, 태준제약은 최근 서울고등법원에 상고장을 제출했다. 이는 상고장 제출 기한(판결정본 도달일로부터 14일 이내)의 마지막 날 이뤄진 것으로, 판결문을 면밀히 검토한 뒤 상고 절차에 나선 것으로 풀이된다.

앞서 서울고법은 태준제약이 용산세무서장을 상대로 제기한 법인세 등 부과 처분 취소 소송 항소심에서 태준제약의 손을 들어준 1심 판결을 뒤집고 원고 패소 판결을 했다.

이에 따라 1심에서 취소 판결을 받았던 법인세 약 16억 1600만 원과 부가가치세 약 2억 8300만 원 등 총 19억 원 규모의 과세 처분은 다시 효력을 얻게 됐다.

이번 소송은 지난 2020년 서울지방국세청이 태준제약의 2015~2019 사업연도를 대상으로 비정기 세무조사를 진행한 뒤 19억 원대 세금을 경정·고지하면서 시작됐다.

당시 세무당국은 태준제약이 개최한 의료인 대상 심포지엄에서 지출된 의사 및 가족의 숙박비와 식사비 등 약 20억 원을 광고선전비가 아닌 접대비로 보고 비용 처리를 부인했다.

학술대회 후원 명목으로 지급된 시상금 5억 2000만 원은 비지정 기부금으로 분류해 손금불산입했고, 외부 재단법인에 지급된 연구용역비 5억 원 역시 실제 연구 용역이 제공되지 않은 거래로 판단했다.

여기에 조세특례제한법상 연구 전담 요건 미충족 등을 이유로 53억 원이 넘는 연구개발비에 대한 세액공제를 취소했으며, 자회사에 마케팅 용역을 제공하고 수수료를 과소 수령했다는 이유로 약 4억 원을 회사의 수익으로 추가 계산했다.

1심 재판을 맡은 서울행정법원은 지난해 7월 태준제약 전부 승소 판결을 하며 19억 원대 과세 처분을 전액 취소했다.

당시 1심 재판부는 개별 과세 사유의 정당성을 따지기에 앞서, 세무조사 착수 자체가 법적 요건을 충족하지 못해 위법했다고 판시했다.

현행 국세기본법에 따르면 정기 조사가 아닌 비정기 세무조사를 시작하기 위해서는 납세자의 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 '명백한 자료'가 있어야 하는데, 다른 제약사의 불법 리베이트 수사 당시 활용된 마케팅 대행사를 태준제약이 이용했다는 정황이나 과거 세무조사 이후 접대비가 줄고 광고선전비가 늘어났다는 계정 변동만으로는 세금 탈루를 인정할 명백한 자료가 될 수 없다는 것이었다.

따라서 객관적 근거 없이 전 세목과 전 사업연도로 조사를 확대한 것은 조사권 남용에 해당하고, 위법한 세무조사로 수집된 자료에 터 잡은 과세 처분 역시 무효라는 것이 1심 재판부가 내린 결론이다.

그러나 2심 재판부는 비정기 세무조사 착수 근거인 '명백한 자료'의 기준을 1심보다 넓게 인정하며 원심을 깨고 세무당국의 손을 들어줬다.

이런 가운데, 태준제약이 항소심 판결에 불복해 상고장을 제출하면서 이번 사건은 대법원에서 최종 결론이 나게 됐다.

상고심에서는 비정기 세무조사 개시 요건인 '명백한 자료'의 해석 범위와 세무조사 절차상 하자가 과세 처분의 효력에 미치는 영향 등 법리적 쟁점이 집중적으로 다뤄질 전망이다.

한편, 태준제약은 지난해(2025년) 매출액이 947억 원으로 2년 연속 감소하며 1000억 원 아래로 내려앉았고, 17억 원의 영업손실을 기록해 적자 전환했다.